1.日本的大学，包括东大、东工或者东名九之类最好的大学在内，都不会硬性规定GPA达到多少，只要求提交成绩单作为参考。但据我个人观察，对本科成绩的要求并不很严格。反倒是出身大学好对提升印象比较有帮助。您的情况只要能够顺利毕业，应该还是比较有利的。当然，前提是您在大学院入学考试和提交的论文/研究计划中体现出良好的专业水准。
2.钱的问题。保证金20万人民币是必要的，不过这个可以暂时找人借来，只需存在银行里冻结半年即可，并不需要花掉。收入证明之类也可以想点别的办法。大学尽量选择国立（比较好的学校主要是国立），这样拿到学费半减的可能在八成以上，拿到奖学金的可能性也在一半以上。同时如果日语够好，还可以打工。打工收入和奖学金收入加起来支持学习和生活基本够用，需要家里贴补的地方不会太多。
3.关于目前的准备，除了经济方面的准备之外，主要提高语言和专业方面。语言方面不仅要过一级，还要熟悉自己所学专业相关的词汇；专业能力方面，可以开始搜集一些日本的学术论文，看看日本学界动态，同时也为自己选择大学和导师提供参考。其他具体文件的准备，按中介（如果你找中介）或大学和使馆的要求进行即可。
4.到大四之后，可以开始着手联系日本大学的导师。大学网站上一般都公开教授的邮箱，先从发个问候邮件开始。注意练习邮件写作的规范。
P.S：楼上的升学实绩最好的也不过横滨国立，大学院才不过首都大而已，还是不要拿出来打广告比较好。
一、大阪大学
大阪大学，位于大阪府吹田市，是一所世界级著名研究型国立综合大学。不仅是日本旧帝国大学之一，还是日本国内三大旧制商科大学之一。在日本国内，综合实力仅次于东京大学和京都大学。
经济学研究科：经济学专攻、政策专攻、经营学系专攻。
二、一桥大学
一桥大学，位于东京都国立市，是日本顶尖的国立大学，被誉为“亚洲的哈佛”。前身为官立东京商业学校，作为日本国内三大旧制商科大学之一，在商科领域的实力自不用说，商学研究科尤为强势。
经济学研究科：公共政策、统计·金融、地域研究、应用经济、经济史·地域经济、比较经济·地域开发。
商学研究科：经营学修士（HMBA）核心课程：经营战略、经营组织、企业财务、经营哲学、市场营销等 。
三、横滨国立大学
横滨国立大学，位于神奈川县横滨市，是一所研究型国立综合大学。经济学部与经营学部更是作为走向金融行业的教育重镇，入学难度之大，堪称首都圈的名门，在东京圈除了东大和一桥外，没有可以与之匹敌的学校了。
国际社会科学研究科：经济学、国际经济学、经营学、会计·经营系统、国际关系法、国际开发、全球经济、企业系统、国际经济法学。
四、神户大学
神户大学，位于兵库县神户市，作为日本国内三大旧制商科大学之一，商科实力一直非常强劲，一直排在日本前三名里。也是日本少有的将经济学和经营学分成两个研究科的学校，商科研究上的规模之大可见一斑。
经济学研究科：经济学（理论分析、历史分析、计量·系统分析、技术·环境分析、产业·社会政策等 ）。
经营学研究科：经营学（经营学、会计学、商学、国际战略分析、管理·系统设计等 ）。
五、小樽商科大学
小樽商科大学，位于北海道小樽市的国立大学，前身是小樽高等商业大学，与三所旧制商科大学关系密切。是国立中唯一一所社会科学系单科大学。但从商科领域来说，小樽商科绝对可以跻身日本大学商科前列。
商学研究科：现代商学（经济学、国际商学、企业法学、社会情报学）。
在选择学校的时候要注意，有的大学里经济学是偏文，有的偏理科。你要看看自己适合哪一种。譬如，大阪大学就是偏向理工的，而一桥大学的经济就比较偏文。
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