闽南理工学院的王牌专业有：机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、光电信息科学与工程、服装设计与工程、工程管理、经济学、财务管理、产品设计等专业。
1、一流本科专业建设点（国家级+省级）
2021年度省级一流本科专业建设点：经济学、财务管理、产品设计
2020年度国家级一流本科专业建设点：机械设计制造及其自动化专业
2020年度省级一流本科专业建设点：光电信息科学与工程、服装设计与工程、工程管理
2019年度省级一流本科专业建设点：机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化
2、其他重点专业
特色专业建设点：机械设计制造及其自动化、电子信息工程
高等学院创新创业教育改革项目：数字媒体技术、机械设计制造及其自动化、测控技术与仪器、国际经济与贸易
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