截至2016年9月，德州学院有省级重点学科2个、省级文化艺术重点学科2个。
2009年，学校被确定为山东省硕士研究生联合培养基地，与山东师范大学联合培养中国现当代文学、原子和分子物理、微生物学三个专业的研究生共计39人。根据区域建设现代产业体系的要求，大力实施学科专业对接工程，初步建设了纺织服装、能源机械、食品生物、化工制药、信息管理等应用型优势学科专业群和具有传统优势的教师教育学科专业群。
省级重点学科（2个）
生物物理学、服装设计与工程。
省级文化艺术重点学科（2个）
民俗文化学、地域音乐文化。
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