教学性质不同：一般情况下在职研究生不属于学历教育，而非全日制研究生是属于学历教育的。
最终拿到的证书不同；在职研究生毕业之后会拿到课程班的结业证书以及硕士学位证，而非全日制研究生一般拥有毕业证加学位证。
申报条件不同。如果报考在职研究生，只要具备大专以上学历就可以进入在职研修班学习；只不过后期校申请硕士还需要满足本科毕业三年，并且拥有学士学位证的要求。而非全日制研究生，专科学历和本科学历都可以报考，如果是专科学历，则要求毕业时间满5年或者是超过5年，而本科学历通常要求，毕业满三年或超过三年以上就可以。
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