生物工程是一门综合性应用学科，需要 掌握生物科学基本知识和系统的生物工程原理及其产业化工程技术的基本理论及基本技能 ，本专业学生主要学习微生物学、生物化学、化学工程、发酵工程等方面的基本理论和基本知识。想要知道生物工程专业的优劣，需要参考该学校生物工程的研究方向和相近专业。
1. 侧重生物学 的生物工程专业
主要是一些985/211/双一流高校生物专业比较好的学校，生物工程专业主要开设在生命科学学院，侧重于分子生物学、微生物等基础生物学。如 上海交通大学 ，2016年第四轮全国一级学科评估中生物学跻身第一方阵，2017年生物学被列入“双一流”建设学科名单，生物工程一级学科博士点新获批建设。
2.侧重 食品发酵 的生物工程专业
如 江南大学 生物工程学院的生物工程专业，该专业是国家特色专业、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”专业，国家专业综合改革试点专业、江苏省品牌专业。 南京农业大学 食品科技学院的生物工程专业（江苏省特色专业）。这些学校的食品专业或者发酵专业较好，生物工程专业和食品紧密联系，甚至开设在同一学院。
3.侧重化学的生物工程专业
浙江大学 化学工程与生物工程学院的生物工程专业，主要研究方向有生物催化与生物转化工程、生物过程工程、生物资源工程、生物制药工程、纳米生物技术、合成生物技术、仿生功能膜与膜技术等。
总的来说，生物工程基础课程大同小异，但是研究领域各有不同，考虑学校的时候需要结合自己的兴趣和该校的研究方向。
在2022本科生物工程专业排行榜中，上海交通大学雄居排行榜榜首，浙江大学、西安交通大学紧随其后，占据第二、第三名。
生物工程专业通过掌握生物技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论，基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计生产管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。
主要课程如下：
《发酵工程》、《生化工程》、《细胞工程》、《基因工程》、《普通微生物学》、《动物学基础》、《生物信息学》、《生物技术制药》、《生物分离工程》、《蛋白质工程》 部分高校按以下专业方向培养：食用菌、发酵工程、生物农药、生物质能源、微生物应用、农业生物技术、食品发酵与生物制剂。
培养目标如下：
本专业培养具备生物学与工程学方面的基本知识以及自然科学和人文科学基础 知识，能在生物技术与工程等相关领域从事生物工程产品生产、工艺设计、生产管理、新技术研究 和新产品开发的学科交叉应用型人才。
工作方向如下：
医药类企业：生物工程、产品研发、生物制药、技术开发、工程设计、生产管理、药物检测； 农林类企业：产品培育、植物组培、去病毒技术； 食品类企业：发酵工程、转基因技术。
生物医学工程大学最好的是东南大学。
东南大学：位于南京市，教育部直属高校，双一流大学。学院的科学研究及学生培养方向瞄准21世纪主导学科即生命科学与电子信息科学，强调这两个学科的交叉与渗透。学院在生命科学领域中的研究与应用处于国内领先水平且生物医学工程为东南大学内的国家重点学科。
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清华大学：位于北京市，国内著名高校，清华大学生物医学工程专业是具有学士、硕士及博士授予权的一级学科，并建立有独立的博士后流动站，被评为国家重点学科。2002年由全国学位与研究生教育发展中心开展的一级学科整体水平评估中，本专业在“学术声誉”方面得100分，列全国同类专业第一。
上海交通大学：位于上海市，是我国历史最悠久的高等学府之一，是教育部直属、教育部与上海市共建的全国重点大学。2008年，上海交通大学生物医学工程专业被列为教育部特色专业。仅有上海交大和东南大学的生物医学工程学科在全国学科评估始终名列前三。
就业方向：学生就业的主要去向为研究机构，医院影像、设备、临床工程、信息中心等相关科室，医疗器械相关企业、事业单位，政府相关管理部门等。
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