1.两种镀膜原理不同：
电子束蒸发镀膜：利用高能电子束轰击靶材，使材料表面产生很高的温度，由固态直接升华到气态，沉积到工件表面所形成的薄膜，主要运用在光学方面(如：眼镜片的增透膜，CCD镜头，光通讯方面等等)
磁控溅射镀膜：高能离子轰击靶材，使靶材表面原子飞逸出来的过程称溅射，那么采用磁场控制后，溅射出来的原子或二次电子以轮摆线的形式被束缚在靶材表面，使得辉光维持而进行溅射，主要运用在装饰方面(如：钟表，手机外壳等金属表面)
2.膜的粘附性及结合的效果也不同。
电子束镀膜的粘附性教差，但是膜的均匀性好;溅射的镀膜溅射能量大，和基底的粘附性也好，但是膜会有颗粒也就是均匀性稍差。
电子束通常配备晶振片，对于已经校准的材料，10nm以下控制效果好，相反溅射出来的膜会有颗粒，10nm的厚度很难达到精准可控。
3.实用的材料不同，磁控溅射有射频电源，可以做绝缘材料，也可以做金属;但是电子束只能蒸镀金属。
