入驻深圳大学城的高校有五所，分别是清华大学深圳研究生院、北京大学深圳研究生院、中国科学院深圳先进技术研究院、哈尔滨工业大学深圳分校以及南方科技大学，深圳大学城目前占地约1.54平方公里，共有全日制在校生约8313人。
清华大学深圳研究生院直属清华大学，是清华大学在异地设立的唯一一所办学机构，只招收研究生入学，报考者可以直接参加清华大学在深圳举行的研究生入学考试。
北京大学深圳研究生院也叫南国燕园，是北京大学设立在深圳，目标建设世界一流国际化学校的试验田，只招收研究生入学。
中国科学院深圳先进技术研究院建立于2006年2月，下设有先进集成技术研究所、生物医学与健康工程研究所、先进计算与数字工程研究所、生物医药技术研究所以及广州中国科学院先进技术研究院等研究机构。
哈尔滨工业大学深圳分校是哈尔滨工业大学三大校区之一，始建于2002年，其余两个校区分别是本校区和威海分校。现在哈尔滨工业大学深圳分校已经开设本科教育，开设面向高中毕业生进行招生。
南方科技大学始建于2011年，下设科学与工程计算中心、分析测试中心以及实验动物中心三个附属单位，面向全国招收本科生和研究生。
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