疫情专项款会计分录如下：
1、企业收到拨款时：
借：银行存款
贷：专项应付款——项目
2、工程完结并将专项款转增资本或股本时：
借：在建工程
贷：银行存款
借：专项应付款——项目
贷：资本公积——资本溢价
在建工程
“专项应付款”账户用于核算企业接受国家拨入的具有专门用途的拨款，如专项用于技术改造、技术研究等，以及从其他来源取得的款项。在“专项应付款”账户下，应按专项应付款种类设置明细账，或者按照应收的资本性拨款设置明细账，并进行明细核算。
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