文学院
理学院
马克思主义学院（南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心南通大学基地挂靠）
经济与管理学院（与江苏长江经济带研究院合署）
教育科学学院
教师教育学院（教师教育管理处合署）
外国语学院
化学化工学院
生命科学学院（海洋学院）
机械工程学院
信息科学技术学院（阿里云大数据学院、计算机科学与技术学院）（专用集成电路设计重点实验室挂靠）
电气工程学院
纺织服装学院
医学院（护理学院）（临床技能训练中心挂靠）
公共卫生学院
体育科学学院
艺术学院（建筑学院）
地理科学学院
交通与土木工程学院（交通学院）（交通运输工程研究院挂靠）
药学院
国际教育学院
张謇学院
通科微电子学院
神经再生重点实验室（与神经科学系、神经再生协同创新中心合署）
特种医学研究院（与航海医学系、航海医学研究所、疼痛医学研究院合署）
智能信息技术研究中心
原南通医学院前身为私立南通医学专门学校，由清末状元、近代著名教育家、实业家张謇先生创建于1912年，是国人最早创办的高等医学院校之一。经过90余年的建设，原南通医学院发展成为一所培养博士研究生、硕士研究生、本科生等多学科、多层次、多形式办学的高等医学院校；是国务院1981年批准的首批有硕士学位授予权的单位之一，也是教育部批准开展联合培养博士学位研究生工作的单位，并可开展同等学力人员申请硕士学位和临床医学专业硕士学位授予工作。 南通大学启秀校区现有医学院、护理学院、神经再生重点实验室（神经科学系）、航海医学研究所（航海医学系）和杏林学院（医科）等。目前在校普通本科生近4500人，各类研究生近500人,留学生140余人。具有一支教学经验丰富、医疗技术精湛、学术水平较高的师资队伍，教师中正教授级134人，副教授级222人 。国家级、省级有突出贡献的中青年专家和享受国务院特殊津贴的教师49人。有1个省高校国家重点学科培育建设点:人体解剖与组织胚胎学;4个省级重点学科:人体解剖与组织胚胎学、航空航天与航海医学、内科学、外科学；1个省高校重点建设学科：眼科学；1个省“十大临床医学中心”：临床医学中心；1个省级“135”医学重点学科：手外科学；
9、个省临床医学重点专科：骨外科、血液内科、消化内科、普外科、眼科、医学检验科、神经内科、心血管内科、皮肤性病学；1个省高校国家重点实验室培育建设点：神经再生重点实验室；1个省部共建教育部重点实验室：神经再生重点实验室；
2、个省（部）级重点实验室：神经再生重点实验室、分子神经生物重点实验室；
2、个省高校优秀学科梯队：人体解剖与组织胚胎学、外科学（骨科）。 对外学术交流和友好往来日益频繁，先后与英、美、法、德、日和加拿大等国的医学院校和医疗科研单位建立了学术联系，并聘请了一批有名望的外国专家为名誉教授。与日本德岛大学、日本庆应义塾大学和加拿大麦吉尔医学院建立了校际友好关系，附属医院与日本丰桥成田纪念病院建立了长期友好往来和学术交流关系。 南通大学启秀校区有明亮宽敞设备现代化的教室、实验室、外语语音室、电子阅览室、一流的学术报告厅和学生公寓；校区图书馆有丰富的藏书，配备有中英文光盘检索系统，可查阅全世界70多个国家40余种文字的生物医学文献资料，为师生提供了良好的学习、工作和生活条件。占地约10公顷的体育场有400米的塑胶标准跑道，还有游泳池、活动中心可供师生进行各种文体活动。 南通大学的组建是南通高等教育发展史的一个里程碑，是放眼世界、面向未来的战略举措。南通大学启秀校区的全体师生员工认真践行校训“祈通中西，力求精进”的要求， 认真贯彻学校提出的“质量立校、人才强校、特色名校、文化兴校”办学思路，牢固树立“人才培养是学校的根本任务，教育教学质量是学校的生命线”的意识，为把南通大学建成一个有特色、高水平的 地方综合性大学而努力奋斗，南通大学的明天将会更加美好
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