菏泽有3所大学，分别是华东交通大学菏泽校区、菏泽学院和菏泽医学专科学校。
华东交通大学菏泽校区是华东交通大学在山东省菏泽市设立的一个校区，前身为创办于1909年的民办职业大学菏泽分校，目前主要开设本科课程，例如工商管理、计算机科学与技术等专业。
菏泽学院是山东省本科院校之一，前身为1958年创办的菏泽师范专科学校，现已发展成为一所多学科综合性大学，涵盖了理、工、文、管、法、医等学科门类。学院秉承“自由、博爱、求真、创新”的校训，培养了一大批优秀人才，为社会和经济发展做出了重要贡献。
菏泽医学专科学校创办于1952年，是山东省教育厅直属的一所高等医学院校，也是山东省唯一的专科医学院校。学校以培养高素质、灵活多样的医学人才为目标，设有临床医学、护理学等专业，拥有优秀的师资力量和现代化的教学设施。
扩展知识
山东省教育厅与菏泽市人民政府签署了共建菏泽学院的协议。双方就积极推动筹建菏泽大学，建立菏泽学院校地合作发展新机制，促进菏泽学院走产教融合、校企合作办学之路三方面达成共建目标。
符合在城镇为其安排工作的退伍义务兵、复员士官和转业士官，通过“双考安置”即“文化考试和实绩考核”相结合的方法安置退役士兵，取得了较好效果，受到了广大退伍兵欢迎。首先是文化考试。考试内容分时事政治、语文(初、高中)、数学(初、高中)、计算机(培训内容)等四方面知识，满分为100分，由民政、人事编办、监察、人武部等部门组成的城镇退役士兵“双考安置”领导小组，负责组织实施；其次是实绩考核。根据考生的军龄和服役期间的具体表现，进行量化积分，上不封顶。考生总成绩=文化成绩×50%+实绩积分×50%；其三是填报城愿。填报志愿前，安置部门公开安置计划指标及考生成绩，每个考生可填报两个志愿；其四是安置。按照个人考试考核总成绩，结合个人志愿，从高分到低分依次安置。成绩并列时，军龄长者优先；军龄相同时，奖项高者优先；奖项相同时，立功受奖次数多者优先；次数相同时，时间在前者优先。其五是包底安置。对个人志愿落空者，给予包底安置。既不服从包底安置，又不申请自谋职业的，不得等到下年重新考试，按社会待业青年对待。
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