独立院校和本科的区别在于录取批次不同、学费不同、校名不同。独立院校是由非政府财政经费所创立的可进行本科教育的学校，属于民办学校；而本科院校是由国家拨出一部分资金来帮助建立的可进行本科教育的学校，属于公办学校。
独立院校只有本科二批、本科三批，而本科有本科一批、本科二批、本科三批。
独立院校是民办教育，没有国家财政资金的帮助，导致学费普遍高昂；而本科是公办教育，拥有国家的资金支持，减轻了教育成本，自然学费普遍不高。
独立院校大都是挂在一些大学名下，使得独立院校的校名大都是XXX大学XXX学院；而本科则有独立的校名，直接是XXX大学、XXXX学院。
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