南京理工大学研究生院设有专业：
机械工程学院：工程力学，机械制造及其自动化，机械电子工程，机械设计及理论，车辆工程，工业工程，精密仪器及机械，测试计量技术及仪器，微系统与测控技术，飞行器设计，航空宇航推进理论与工程。
计算机科学与工程学院：模式识别与智能系统，计算机系统结构，计算机软件与理论，计算机应技术，智能计算与系统，生物医学工程，软件工程，网络空间安全，电子信息。
经济管理学院：金融学，产业经济学，国际贸易学，劳动经济学，管理科学与工程，会计学，企业管理，技术经济及管理，图书馆学，情报学，档案学，工商管理，金融，国际商务，会计，图书情报。
能源与动力工程学院：流体力学，工程力学，工程热物理，热能工程，制冷及低温工程，新能源科学与工程，电力系统及其自动化，电力电子与电力传动。
外国语学院：英语语言文学，日语语言文学，外国语言学及应用语言学，英语笔译。
设计艺术与传媒学院：传播学，设计学，机械。
南京理工大学王牌专业
1、兵器科学与技术专业
兵器科学与技术是研究军事对抗中所使用的武器系统和军事技术器材的科学技术，研究内容涉及到武器系统及军事技术器材的科学原理、技术手段、系统分析、工程设计、技术运用、工程保障及效能评估等，是一门综合性的工程技术学科。
2、光学工程专业
光学工程是一门历史悠久而又年轻的学科。它的发展表征着人类文明的进程。它的理论基础——光学，作为物理学的主干学科经历了漫长而曲折的发展道路，铸造了几何光学、波动光学、量子光学及非线性光学，揭示了光的产生和传播的规律和与物质相互作用的关系。
3、化学工程与技术专业
化学工程与技术专业拥有化学工程与技术及分析化学、高分子化学与物理、材料物理化学等相近学科。结合生物质能源、新能源、绿色化学品等特色优势，通过不断凝炼学科方向，本学科确立了四个学科方向。
4、控制科学与工程专业
控制科学与工程是研究控制的理论、方法、技术及其工程应用的学科。控制科学以控制论、系统论、信息论为基础，研究各应用领域内的共性问题，即为了实现控制目标，应如何建立系统的模型，分析其内部与环境信息，采取何种控制与决策行为。
5、仪器科学与技术专业
仪器科学与技术专业是有关仪器运行应用的理论研究的工程性学科。是为研究事物变化规律提供信息获取手段，并加以控制的一门学科。
百度百科--南京理工大学
南京理工大学王牌专业
1、兵器科学与技术专业
兵器科学与技术是研究军事对抗中所使用的武器系统和军事技术器材的科学技术，研究内容涉及到武器系统及军事技术器材的科学原理、技术手段、系统分析、工程设计、技术运用、工程保障及效能评估等，是一门综合性的工程技术学科。
2、光学工程专业
光学工程是一门历史悠久而又年轻的学科。它的发展表征着人类文明的进程。它的理论基础——光学，作为物理学的主干学科经历了漫长而曲折的发展道路，铸造了几何光学、波动光学、量子光学及非线性光学，揭示了光的产生和传播的规律和与物质相互作用的关系。
3、化学工程与技术专业
化学工程与技术专业拥有化学工程与技术及分析化学、高分子化学与物理、材料物理化学等相近学科。结合生物质能源、新能源、绿色化学品等特色优势，通过不断凝炼学科方向，本学科确立了四个学科方向。
4、控制科学与工程专业
控制科学与工程是研究控制的理论、方法、技术及其工程应用的学科。控制科学以控制论、系统论、信息论为基础，研究各应用领域内的共性问题，即为了实现控制目标，应如何建立系统的模型，分析其内部与环境信息，采取何种控制与决策行为。
5、仪器科学与技术专业
仪器科学与技术专业是有关仪器运行应用的理论研究的工程性学科。是为研究事物变化规律提供信息获取手段，并加以控制的一门学科。
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